色譜是一種分離分析手段，分離是核心，因此擔(dān)負(fù)分離作用的色譜柱是色譜系統(tǒng)的心臟。對(duì)色譜柱的要求是柱效高、選擇性好，分析速度快等。

要選擇色譜柱，先需要確定要使用的是填充柱還是毛細(xì)管柱。

填充柱比毛細(xì)管柱具有更高的樣品容量，盡管這一差距由于 HP 發(fā)明了大孔 530mm 毛細(xì)管而大大縮小，檢測(cè)器靈敏度的改進(jìn)也減少了對(duì)大劑量樣品的需要。填充柱的優(yōu)勢(shì)領(lǐng)域是氣體樣品的分析。

對(duì)于幾乎所有的其他樣品，毛細(xì)管柱具有高很多的效率（窄峰），這可以大大改進(jìn)峰分離。實(shí)際上，分離能力很大，以于許多分析物在很簡(jiǎn)單的分析中使用非常短的色譜柱就可以完成分離了。節(jié)省的時(shí)間可以直接轉(zhuǎn)化為循環(huán)時(shí)間的縮短和樣品通量的增加。因此，對(duì)于新的或更新的方法，如果沒有非常具有說服力的理由使用填充柱的話，一般推薦使用毛細(xì)管柱。